Convertendo um Vídeo em um Arquivo DICOM

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Exemplo de conversão de vídeo em DICOM e posteriormente em malha 3D (Fonte: Digimorph).

Os arquivos DICOM são tomografias digitais que podem ser reconstruídas em 3D, contém dados específicos que os diferem de uma simples imagens, mas podem ser gerados a partir de arquivos JPG, PNG e até arquivos de vídeo como MP4, AVI e afins.

Na internet contamos com uma vasta gama de vídeos onde aparecem as fatias de uma tomografia, fornecendo um grande banco de dados que podem ser convertidos em material didático, pesquisa ou entretenimento técnico.

Neste material o usuário aprenderá como converter um vídeo do YouTube em um arquivo DICOM e posteriormente reconstruí-lo em uma malha 3D.

Baixando o Vídeo do YouTube

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Vídeo a ser utilizado na conversão - Micro-CT scan (Polychaeta, Amphinomidae)

Para esse exemplo será usado o vídeo disponível em: https://www.youtube.com/watch?v=l-AUXy-C_Fo

Existem várias formas de se baixar um arquivo de vídeo do YouTube, o modo mais prático é pelo site SaveFromNet:

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Aparência do site SaveFromNet.

  • Aguarde um instante até, na parte inferior, abrir uma janela onde aparecem as opções de qualidade para o vídeo;

  • Clique na opção Baixar;

Aviso

É imprenscindível que o arquivo não contenha espaços ou caracteres especiais, nesse caso o arquivo foi renomeado para Micro_CT.mp4.

Dica

Outra forma de baixar os vídeos, contendo ainda mais opções de formatos e qualidade é o add-on Video DownloadHelper disponível para os navegadores Chrome e Firefox.

Convertendo o Vídeo em uma Sequência de Imagens

Assim que o vídeo é baixado, o mesmo deverá ser convertido em uma sequência de imagens.

  • Abra a aba Other;

  • Expanda a seção Video to Images;

  • Clique no ícone do diretório para abrir o arquivo de vídeo;

  • Escolha o arquivo Micro_CT.mp4 e em seguida clique em Accept;

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Arquivo de vídeo selecionado para conversão em imagens.

  • Clique em Convert Video to Images!

  • O gerenciador de janelas será aberto com a pasta onde estão as imagens criadas. Selecione todas as imagens e copie-as para o diretório SELECTED.

Importante

A seleção de imagens é importante, posto que em muitos vídeos a parte de interesse onde aparecem os slices pode estar misturada com outros cortes, sendo necessária a selação dos quadros para extrair apenas a parte relacionada a tomografia computadorizada.

Convertendo as Imagens em Arquivos DICOM

Uma vez que os slices foram selecionados é chegado o momento de convertê-los em uma sequência de arquivos DICOM. Como comentado anteriormente, um arquivo DICOM contém mais dados que uma imagem e aqui vamos trabalhar com alguns deles.

Aviso

O sistema descrito a partir daqui, ao menos por ora, está funcionando plenamente apenas no Linux e no Windows.

  • Faça a expansão da seção Images to CT-Scan e perceba que o campo do endereço já estará completado com a locaalização do diretório SELECTED;

  • Ignore por ora os outros campos e clique diretamente no botão Convert Images to CT-Scan!;

  • Assim que o processamento terminar o sistema vai abrir automaticamente o software VolView;

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Sequência DICOM aberta logo após a conversão.

  • Ao brir o Volview ficará evidente que a tomografia está “espichada” no eixo Z, ou seja, a altura do objeto;

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Dimensões do voxel (pixel em 3D).

  • É necessário fechar o VolView e alterar o valor do s3 em Dimensions, assim achataremos a estrutura da tomografia computadorizada;

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Tomografia com as dimensões corrigidas.

  • Ao clicar em Convert Images to CT-Scan! o VolView abrirá com as dimensões corrigidas;

Importante

Os valores de s1, s2 e s3 correspondem a distância de cada lado do pixel (ou entre os cortes). Por padrão está em 1 (1 mm). O objetivo desse material é apenas o de corrigir a proporção, posto que não temos dados de distância no vídeo, em um caso onde isso for necessário recorra as ferramentas presentes na sessão Calculations, bastando colocar o valor da distância real (Real Size) e da distância atual (Current Size), resultando assim no fator correspondente à direção desejada. O VolView fornece ferramenta de régua para proceder com as medidas.

  • Ainda no VolView, vá em File -> Save Volume;

  • Salve com o nome Amphinomida.mha e então o VolView pode ser fechado,

Aviso

É necessário que você coloque a extensão .mha ao final do nome do arquivo, sob pena da exportação não funcionar!

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Indicação do local onde se encontra o arquivo .mha.

  • Agora basta indicar onde se encontra o arquivo Amphinomida.mha e em seguida clicar em Open Slicer;

  • A exemplo do que acontece quando abrimos uma tomo organizada no OrtogOnBlender, a tomografia será aberta no Slicer, apresentando os pontos de vista de modo semelhante ao que vimos no Volview;

  • Vá em All Modules -> Data;

  • Na parte esquerda superior esquerda, mova o mouse sobre o elemento nomeado como Amphinomida, clque no botão direito e em seguida selecione Export to DICOM…;

  • Clique no botão à direita de Output folder e escolha a localização de onde será exportado;

  • Em seguida clique em Export e assim que for exportado, feche o Slicer.

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Tomografia DICOM reconstruída em 3D com o OrtogOnBlender.

Agora, contando com um arquivo DICOM, é possível reconstruí-lo em uma malha 3D no OrtogOnBlender.